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Citrulline (M2MDB000198)
| Record Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Version | 2.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Creation Date | 2012-05-31 13:01:55 -0600 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Update Date | 2015-09-13 12:56:09 -0600 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Secondary Accession Numbers | 
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| Identification | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Name: | Citrulline | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description | Citrulline is an amino acid made from ornithine and carbamoyl phosphate in one of the central reactions in the urea cycle. It is also produced from arginine as a by-product of the reaction catalyzed by NOS family (NOS; EC 1.14.13.39). In this reaction arginine is first oxidized into N-hydroxyl-arginine, which is then further oxidized to citrulline concomitant with the release of nitric oxide.; EC 1.14.13.39). Citrulline's name is derived from citrullus, the Latin word for watermelon, from which it was first isolated. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Synonyms: | 
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| Chemical Formula: | C6H13N3O3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Weight: | Average: 175.1857 Monoisotopic: 175.095691297  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InChI Key: | RHGKLRLOHDJJDR-BYPYZUCNSA-N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| InChI: | InChI=1S/C6H13N3O3/c7-4(5(10)11)2-1-3-9-6(8)12/h4H,1-3,7H2,(H,10,11)(H3,8,9,12)/t4-/m0/s1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CAS number: | 372-75-8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IUPAC Name: | (2S)-2-amino-5-(carbamoylamino)pentanoic acid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Traditional IUPAC Name: | L-citrulline | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMILES: | N[C@@H](CCCNC(N)=O)C(O)=O | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chemical Taxonomy | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description | belongs to the class of organic compounds known as l-alpha-amino acids. These are alpha amino acids which have the L-configuration of the alpha-carbon atom. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Kingdom | Organic compounds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Super Class | Organic acids and derivatives | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Class | Carboxylic acids and derivatives | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sub Class | Amino acids, peptides, and analogues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Direct Parent | L-alpha-amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Alternative Parents | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Substituents | 
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| Molecular Framework | Aliphatic acyclic compounds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| External Descriptors | 
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| Physical Properties | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| State: | Solid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Charge: | 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Melting point: | 235.5 °C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Properties: | 
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| Predicted Properties | 
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| Biological Properties | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cellular Locations: | Cytoplasm | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reactions: |  Carbamoylphosphate + Ornithine + L-Ornithine <> Citrulline + Hydrogen ion + Phosphate L-Aspartic acid + Adenosine triphosphate + Citrulline <> Adenosine monophosphate + Argininosuccinic acid + Hydrogen ion + Pyrophosphate Carbamoylphosphate + Ornithine <> Phosphate + Citrulline Adenosine triphosphate + Citrulline + L-Aspartic acid <> Adenosine monophosphate + Pyrophosphate + Argininosuccinic acid N-Acetyl-L-citrulline + Water <> Acetic acid + Citrulline L-Aspartic acid + Citrulline + Adenosine triphosphate > Hydrogen ion + L-arginino-succinate + Pyrophosphate + Adenosine monophosphate Ornithine + Carbamoylphosphate <> Hydrogen ion + Citrulline + Phosphate Adenosine triphosphate + Citrulline + L-Aspartic acid > Adenosine monophosphate + Pyrophosphate + 2-(N(omega)-L-arginino)succinate Carbamoylphosphate + Ornithine > Inorganic phosphate + Citrulline Adenosine triphosphate + Citrulline + L-Aspartic acid + L-Aspartic acid > Pyrophosphate + Adenosine monophosphate + Argininosuccinic acid Ornithine + Carbamoylphosphate + Ornithine > Phosphate + Hydrogen ion + Citrulline L-Aspartic acid + Adenosine triphosphate + Citrulline <> Adenosine monophosphate + Argininosuccinic acid + Hydrogen ion + Pyrophosphate Carbamoylphosphate + Ornithine + L-Ornithine <> Citrulline + Hydrogen ion + Phosphate L-Aspartic acid + Adenosine triphosphate + Citrulline <> Adenosine monophosphate + Argininosuccinic acid + Hydrogen ion + Pyrophosphate  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SMPDB Pathways: | 
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| KEGG Pathways: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| EcoCyc Pathways: | 
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| Concentrations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   Find out more about how we convert literature concentrations.   | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Spectra | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Spectra: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| References: | 
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| Synthesis Reference: | Kakimoto, Toshio; Shibatani, Takeji; Nishimura, Noriyuki; Chibata, Ichiro. Enzymic production of L-citrulline by Pseudomonas putida. Applied Microbiology (1971), 22(6), 992-9. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Material Safety Data Sheet (MSDS) | Download (PDF) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Links | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| External Links: | 
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Enzymes
- General function:
 - Involved in carboxyl- or carbamoyltransferase activity
 - Specific function:
 - Carbamoyl phosphate + L-ornithine = phosphate + L-citrulline
 - Gene Name:
 - argI
 - Uniprot ID:
 - P04391
 - Molecular weight:
 - 36907
 
Reactions
| Carbamoyl phosphate + L-ornithine = phosphate + L-citrulline. | 
- General function:
 - Involved in carboxyl- or carbamoyltransferase activity
 - Specific function:
 - Carbamoyl phosphate + L-ornithine = phosphate + L-citrulline
 - Gene Name:
 - argF
 - Uniprot ID:
 - P06960
 - Molecular weight:
 - 36827
 
Reactions
| Carbamoyl phosphate + L-ornithine = phosphate + L-citrulline. | 
- General function:
 - Involved in argininosuccinate synthase activity
 - Specific function:
 - ATP + L-citrulline + L-aspartate = AMP + diphosphate + N(omega)-(L-arginino)succinate
 - Gene Name:
 - argG
 - Uniprot ID:
 - P0A6E4
 - Molecular weight:
 - 49898
 
Reactions
| ATP + L-citrulline + L-aspartate = AMP + diphosphate + N(omega)-(L-arginino)succinate. | 
- General function:
 - Involved in zinc ion binding
 - Specific function:
 - Displays a broad specificity and can also deacylate substrates such as acetylarginine, acetylhistidine or acetylglutamate semialdehyde
 - Gene Name:
 - argE
 - Uniprot ID:
 - P23908
 - Molecular weight:
 - 42347
 
Reactions
| N(2)-acetyl-L-ornithine + H(2)O = acetate + L-ornithine. |